中心设立顾问委员会、学术委员会、管理团队和相关职能部门。
1.顾问委员会
顾问委员会由来自政府机关、高校与研究机构和企业界的资深专家组成，为中心发展建设献计献策、提供指导。
主任委员：毛健
成员：
马腾：以色列驻华大使
韩晓峰：吉林大学党委常委，党委副书记兼副校长
保育钧：中华民营企业联合会会长，国务院参事室特邀研究员
李建华：吉林省科技厅党组书记、厅长，管理学博士
任克军：全国人大代表、吉林省农业产业化龙头企业协会会长
曲伟：黑龙江省人民政府参事，省科技经济顾问委员会副主任，犹太人历史文化省级领军人才梯队带头人，省社会科学院原院长、研究员
李寅权：吉林省政府发展研究中心主任
马利彪：吉林省政府发展研究中心副主任
李元才：吉林省工业和信息化厅原副厅长，吉林省民营企业和中小企业协会会长
刘德斌：吉林大学校长助理、公共外交学院院长、教授、博士生导师

2.学术委员会
学术委员会是中心的决策和咨询机构，主要负责讨论和决定聘任科研人员、重大项目设立和招标、科研成果鉴定等重大事宜。
主任委员：
蔡莉：吉林大学校党委副书记、创新创业研究院院长
成员（按姓氏拼音排序）：
丹·谢赫特曼（Dan Shechtman）：以色列理工学院杰出教授、吉林大学兼职教授，2011年诺贝尔化学奖获得者
沃尔夫勒姆·埃尔斯纳（Wolfram Elsner）：德国不来梅大学经济学院教授、创新与制度经济学研究所主任、欧洲演化政治经济学会（EAEPA）主席
陶伯（Markus Taube）：德国杜伊斯堡—埃森大学商学院教授、东亚高等研究院主任、德国鲁尔孔子学院德方院长、南开大学教授
巴特·波斯克（Bart Bossink）：荷兰阿姆斯特丹自由大学教授、科学商业管理创新主席
阿姆农·施瓦茨（Amnon Schwartz）以色列耶路撒冷希伯来大学教授，植物科学和农业遗传学研究所所长
代夫奈·施瓦茨(Dafna Schwartz)：以色列本·古里安大学教授，Bengis创新创业研究中心董事兼主席
汤津彤（Jintong Tang）：美国圣路易斯大学教授
陈劲：清华大学经济管理学院院长助理、清华大学技术创新研究中心主任
张玉利：南开大学商学院院长、创业管理研究中心主任
李俊江：吉林大学经济学院院长、教授
宋冬林：吉林财经大学校长、教授

3.管理团队
李政
吉林大学中以创新创业合作研究中心主任、主要发起人之一。现任吉林大学经济学院副院长、金融学院副院长、创新创业研究院副院长，教授、博士生导师，兼任吉林省政府咨询决策委员、中国经济规律研究会常务理事、中国经济发展研究会常务理事、中国宏观经济管理教育学会常务理事、黄炎培职业教育思想研究会理事。受聘为清华大学汽车发展研究中心兼职研究员。为全球创新创业会议（GIEC）大会中方主席。为“教育部新世纪优秀人才”，“长春市有突出贡献专家”，吉林省首批高校“学科领军教授”。
斯维·万宁（Tsvi Vinig）
吉林大学中以创新创业合作研究中心副主任、主要发起人之一。荷兰阿姆斯特丹大学商学院的系主任，阿姆斯特丹科学园创业中心创始董事，以色列本·古里安大学商学和管理学兼职教授，《犹太创业家——揭秘犹太创业者的8大成功因素》一书作者。
约西·达施蒂（Yossi Dashti）
吉林大学中以创新创业合作研究中心副主任，主要发起人之一。目前任职于以色列本·古里安大学。同时，他也任职美国以色列贸易并购基金会，美国Technion工业协会，美国以色列公共事务委员会，NATAL，荷兹利亚跨学科研究中心等。此外，他曾任加州的Broadcom公司管理团队成员，成功带领该公司在纳斯达克上市，还并购整合了20多个全球各地企业。
齐平
吉林大学中以创新创业合作研究中心副主任。吉林大学经济学院教授、博士生导师。吉林省就业促进会专家委员，吉林省信用体系建设促进会专家咨询委员会副主任委员，吉林省民营经济发展研究会副秘书长、理事。
李文祥
吉林大学中以创新创业合作研究中心副主任。现任吉林大学哲学社会学院劳动与社会保障系教授、博士生导师，兼任吉林大学哲学社会学院长春市大学生创业研究基地主任、吉林大学中国企业风险与社会责任研究中心主任。目前在吉林省长春市建立城镇创业实践基地，在吉林省白山市建立农村创业实践基地，并进行创业辅导研究与实践。
赵新宇
吉林大学中以创新创业合作研究中心秘书长。吉林大学经济学院经济学系副主任、教授、博士生导师。
宋  洋
吉林大学中以创新创业合作研究中心主任助理。吉林大学经济学院财政系副教授，荷兰阿姆斯特丹大学硕士生导师。
赵  放
吉林大学中以创新创业合作研究中心主任助理。吉林大学经济学院经济学系副教授。

4.职能部门
中心共下设5个职能部门：
（1）秘书处
负责文秘、机要、督查督办等工作，协调学术委员会和主任办公会；组织重大调研；办理主任交办的有关事项；负责文电、档案、财务、资产等中心日常运转工作；负责人力资源管理工作；承担重要文件的起草和审核、重要会议的组织工作；制定中心运行管理规章制度、协调管理中心有关日常事务。
（2）外联部
组织拟订中心对外合作与交流办法；承办双边和多边技合作与交流事宜；负责组织和协调中心外事活动及科研成果翻译等相关工作。
（3）信息技术部
负责建设和管理中心的信息化工作；负责中心宣传报道、新闻发布工作；负责中心的综合数据统计工作；整理、收集、存档中心的科研成果和课题研究成果；协调组织中心科研成果发表等工作。
（4）科研产业部
负责编制和组织实施中心发展规划和科研发展计划；组织中心科研计划项目的申报和实施；组织实施科技成果推广；组织开展科研和技术引进等工作；负责中心重大课题编写等相关工作。
（5）培训部
负责联络、安排、落实中外创新创业各种培训项目。